W przypadku realizacji projektów polegających na opracowaniu, aktualizacji i wdrażaniu dokumentów strategicznych, planistycznych dla obszarów chronionych (I typ projektu), w związku z zapisami Regulaminu wyboru projektów, przedsięwzięcie musi dotyczyć któregoś z trzech obszarów chronionych to jest Natura 2000, Park Krajobrazowy lub Rezerwat przyrody.
Jednocześnie, w uzasadnionych przypadkach, nie wyklucza się kompleksowego podejścia do sporządzenia dokumentacji dla większego obszaru lub innych form ochrony obszarowej, z zachowaniem warunku obejmowania swoim zakresem co najmniej jednego z obszarów wskazanych powyżej.
W przypadku projektów dotyczących ochrony i przywracania właściwego stanu siedlisk przyrodniczych i ekosystemów oraz populacji zagrożonych gatunków (II typ projektu), nie ma konieczności ich realizacji na terenach objętych ochroną obszarową.